駐輪場は利用者のみ利益を受けるかというと、そうではないと思います。自転車の利用促進で周囲全体の環境が向上するとか、違法駐輪が減って通行の安全性が高まる、街並みが良くなる等のメリットもあると思います。なので100%どちらかで負担すべきというのではなく、利用者と市でX:Yで負担するとか、相互負担や融通が必要ではないでしょうかね。違法駐輪はそれなりに大きな問題でしょうから、他の公共事業と比較しても、ある程度重視して対策を進めていく必要があると思います。